Τα φιλικά προς το περιβάλλον άλατα συμπλοκοποίησης έχουν πολλές πιθανές εφαρμογές στον φαρμακευτικό τομέα. Πρώτον, διερευνώνται ως φορείς ναρκωτικών. Τα φιλικά προς το περιβάλλον άλατα συμπλοκοποίησης μπορούν να σχεδιαστούν για να ενθυλακώνουν μόρια φαρμάκου, χρησιμοποιώντας τη δομή συμπλοκοποίησης τους για να εγκλωβίζουν σταθερά τα μόρια του φαρμάκου, επιτυγχάνοντας έτσι ελεγχόμενη απελευθέρωση φαρμάκου. Για παράδειγμα, προσαρμόζοντας τον τρόπο συμπλοκοποίησης και τη δομή των φιλικών προς το περιβάλλον αλάτων συμπλοκοποίησης, μπορούν να απελευθερώσουν φάρμακα σύμφωνα με τις περιβαλλοντικές συνθήκες σε διάφορα μέρη του σώματος (όπως τιμή pH, συγκέντρωση ενζύμου κ.λπ.), βελτιώνοντας τη στόχευση και την αποτελεσματικότητα του φαρμάκου. Δεύτερον, διερευνώνται για εφαρμογές στη σύνθεση φαρμάκων. Τα φιλικά προς το περιβάλλον άλατα συμπλοκοποίησης μπορούν να συμμετέχουν στις αντιδράσεις σύνθεσης φαρμάκων ως καταλύτες ή ενδιάμεσα αντιδράσεων. Μπορεί να διαθέτουν μοναδικές ηλεκτρονικές δομές και χημικές δραστηριότητες, προάγοντας συγκεκριμένες χημικές αντιδράσεις για τη σύνθεση νέων ενώσεων με πιθανή φαρμακευτική αξία. Επιπλέον, διερευνώνται για εφαρμογές στην ανίχνευση ναρκωτικών.
Τα φιλικά προς το περιβάλλον άλατα συμπλοκοποίησης μπορούν να υποστούν συγκεκριμένες αντιδράσεις συμπλοκοποίησης με ορισμένα μόρια φαρμάκου. Η χρήση των αλλαγών στις φυσικοχημικές ιδιότητες πριν και μετά την αντίδραση (όπως αλλαγές χρώματος, αλλαγές αγωγιμότητας κ.λπ.) μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάπτυξη μεθόδων ανίχνευσης φαρμάκων υψηλής ευαισθησίας. Για παράδειγμα, με βάση την αλλαγή χρώματος που προκαλείται όταν τα φιλικά προς το περιβάλλον άλατα συμπλοκοποίησης συμπλέκονται με μόρια φαρμάκου, μπορεί να καθιερωθεί μια χρωματομετρική μέθοδος για την ανίχνευση του περιεχομένου φαρμάκου. Αυτή η μέθοδος είναι σχετικά φιλική προς το περιβάλλον και έχει υψηλή ευαισθησία. Μπορεί επίσης να παίξει ρόλο στη βελτίωση των σκευασμάτων φαρμάκων. Συνδυάζοντας με φιλικά προς το περιβάλλον άλατα συμπλοκοποίησης, μπορεί να βελτιώσει τη διαλυτότητα και τη σταθερότητα των φαρμάκων, αναπτύσσοντας έτσι σκευάσματα φαρμάκων υψηλότερης-ποιότητας, όπως σκευάσματα παρατεταμένης-αποδέσμευσης και στοχευμένα σκευάσματα.
